Càn Thanh Cung được cho xây dựng vào năm Vĩnh Lạc thứ 18 (1420), nhưng chỉ 2 năm sau đã bị phá hủy do hỏa hoạn. Năm Chính Thống thứ 5 (1440), nơi này được trùng tu hoàn tất. Đến năm Chính Đức thứ 9 (1514), tối ngày 16 tháng giêng, vì phóng pháo hoa không cẩn thận nên đã gây ra hỏa hoạn, thiêu cháy cả Càn Thanh Cung và Khôn Ninh Cung, 5 năm sau thì hoàn thành việc trùng tu cả 2 cung điện. Năm Vạn Lịch thứ 24 (1596), Càn Thanh Cung và Khôn Ninh Cung lại tiếp tục bị thiêu hủy, việc trùng tu diễn ra trong 2 năm thì hoàn thành.

Tháng 4 năm 1644, Lý Tự Thành mang theo quân Đại Thuận tiến vào chiếm Bắc Kinh, lật đổ nhà Minh.[1] Khi tướng lĩnh nhà Minh trấn giữ Sơn Hải quan là Ngô Tam Quế dẫn quân Thanh ập vào kinh thành, Lý Tự thành đã phóng hỏa đốt Tử Cấm thành[2] trước khi rút lui về Thiểm Tây, Càn Thanh Cung một lần nữa bị thiêu rụi.[3][4][5] Sau khi quân Thanh nhập quan, Càn Thanh Cung đã được trùng tu vào năm Thuận Trị thứ 12 (1655). Đến năm Gia Khánh thứ 2 (1797), Càn Thanh Cung một lần nữa phát sinh hỏa hoạn, bị thiêu hủy, 1 năm sau thì được xây dựng lại. Kiến trúc Càn Thanh Cung ngày nay chính là hình dạng và cấu tạo trong lần xây dựng lại cuối cùng này.

Trong thời nhà Minh, đó là nơi ở của Hoàng đế, từ Vĩnh Lạc Đế đến Sùng Trinh Đế có tất cả 14 vị Hoàng đế đã từng ở lại cung này. Không gian rộng lớn của cung chia thành hai lớp, mỗi lớp có 9 phòng và 27 chiếc giường.[6] Mỗi đêm Hoàng đế sẽ chọn ngẫu nhiên một chiếc giường làm nơi nghỉ ngơi. Những án nổi tiếng của nhà Minh như "Hồng hoàn án" hay "Dời cung án" đều phát sinh ở Cung Càn Thanh này. Thời Minh, Càn Thanh Cung cũng từng là nơi để tang cho Hoàng đế.[7]

Đầu thời Thanh, Càn Thanh Cung được xây dựng lại vào năm 1644 cho đến năm 1648 thì hoàn thành, trở thành nơi ở cho hậu phi. Đến năm Thuận Trị thứ 12 (1655), lại trùng tu quy mô lớn theo quy chế thời Minh, bắt đầu trở thành tẩm cung của Hoàng đế. Nhưng bởi vì chất lượng công trình không tốt, đến lúc trời mưa sẽ bị rò rỉ nước nên đến năm 1660, Thuận Trị Đế đã không còn sử dụng nữa.[8] Năm Khang Hi thứ 8 (1669), Càn Thanh Cung, Thái Hòa Điện và Giao Thái Điện đồng thời được xây dựng lại. Mười năm sau, Bắc Kinh xuất hiện động đất, Càn Thanh Cung lại được tu sửa một lần nữa vào năm Khang Hi thứ 19 (1680), một lần nữa trở thành tẩm cung của Hoàng đế. Nhưng khi Hoàng đế Ung Chính lên ngôi đã tự chuyển đến Dưỡng Tâm điện nhỏ hơn ở phía tây để tỏ lòng kính trọng với Khang Hi Đế. Ung Chính và những hoàng đế sau này cũng đều ở tại Dưỡng Tâm điện.[9] Cung Càn Thanh sau đó trở thành nơi Hoàng đế thiết triều, xét án, tiếp đón sứ giả và tổ chức yến tiệc. Trên nền cao ở trung tâm điện là ngai vàng của Hoàng đế cùng một chiếc bàn để ông viết các chiếu chỉ và phê duyệt công văn từ các đại thần.[10] Trên trần cung có chạm hình rồng cuộn.

Phía trên ngai vàng có treo một tấm biển với dòng chữ Chính Đại Quang Minh (chữ Hán: 正大光明; bính âm: zhèng dà guāng míng), là ngự bút của Hoàng đế Thuận Trị. Nó vốn là một thành ngữ với ý nghĩa: "Con người làm việc gì cũng phải đàng hoàng, trung thực, hợp với khuôn phép". Từ thời Ung Chính trở đi, Hoàng đế sẽ bí mật viết tên người sẽ kế vị ngai vàng của mình vào một tờ chiếu và đem cất nó đằng sau tấm biển Chính Đại Quang Minh. Sau khi Hoàng đế băng hà, các đại thần được giao nhiệm vụ sẽ tuyên bố di chiếu và cử hành lễ đăng quang.[11] Càn Thanh Cung cũng là nơi tạm quàn lĩnh cữu của Hoàng đế nhà Thanh, từ Thuận Trị đến Quang Tự đều được quàn ở đây.[6]